Vatten är en grundläggande faktor i de ekologiska systemen. Vattentillgången avgör villkoren för olika naturtyper och ger ramarna för olika arters fortlevnad. Emmaboda kommun är en sjörik kommun med över 100 sjöar större än en hektar.

Sjöar och vattendrag har stor betydelse för många aktiviteter. Exempel kan vara fiske, friluftsliv, vattentäkter för dricksvatten och mottagare av kommunalt och industriellt avloppsvatten. Bra vatten med god kvalitet är en framtidsfråga för kommunen. Bra dricksvatten är livsnödvändigt och därför prioriteras en, i alla lägen, fungerande kommunal vattenförsörjning normalt före andra intressen.

Kommunen har idag fastställda vattenskyddsområden i Broakulla, Getasjö, Eriksmåla och norra Boda Glasbruk. I praktiken finns dock ytterligare kommunala vattentäkter som kommunen hanterar som vattenskyddsområden. Dessa områden finns i södra Boda Glasbruk, Emmaboda/ Lindås, Långasjö och Vissefjärda. Även sjön Läen, som regleras av Lessebo kommun, är ett vattenskyddsområde, delvis inom Emmaboda kommuns gränser. Lyckebyån är det dominerande avrinningsområdet.

Emmaboda kommun är medlemmar i Lyckebyåns vattenförbund som bildades 1988 Det är en sammanslutning av kommuner, kraftföretag, markavvattningsföretag och fiskevårdsföreningar. Dessa har alla på något sätt tillstånd att påverka Lyckebyåns vatten.